2013年11月4日，为了进一步深化本市商事登记制度改革，简化审批流程，提高审批效率，深圳市交通运输委员会（现深圳市交通运输局）印发《关于商事登记制度改革相配套的行政审批制度改革方案》（下称《改革方案》），对属于商事登记的7个前置审批事项制定具体的配套改革措施，通过优化审批流程、精简材料，实现内部审批主体相对集中，审批程序和审批条件合法精简，审批时限大幅缩短，审批效能不断提升。现商事登记制度改革已经进入全新阶段，部分行业的制度内容发生了变化，《改革方案》的内容已经无法满足现阶段的工作需求，甚至部分内容已经与现有规定相冲突，比如机动车维修业务施行备案管理，取消了行政许可制；机动车驾驶员培训采取登记备案管理制度。因此，鉴于行政审批制度改革已经进入新的阶段，《改革方案》已不符合工作实际，故废止该规范性文件。

2013年11月22日，为了深化深圳市商事登记制度改革，创新监管方式，建立与商事登记制度相配套的监管制度，深圳市交通运输委员会（现深圳市交通运输局）印发了《关于商事登记制度改革相配套的监管制度改革方案》（以下简称改革方案），旨在配合商事登记制度改革，为纳入原市交通运输委日常监管范围的行政审批事项制定具体的配套监管措施。但改革方案属于阶段性的规定，是为了实现某一阶段目标而制定的针对性文件，现商事登记制度改革已进入新阶段，深圳市立足建设粤港澳大湾区和深圳先行示范区重大战略任务，对标国际先进规则，已经在原有商事登记制度的基础上，修订了《深圳经济特区商事登记若干规定》，改革方案的相关内容已基本完成。因此，改革方案的内容与现阶段工作实际不符，故废止该规范性文件。

2014年10月30日，为进一步深化商事登记制度改革，深圳市交通运输委（现深圳市交通运输局）在出台监管制度改革方案的基础上，配套出台了《商事登记制度改革后续监管办法》（以下简称《监管办法》），现已实施多年。在《监管办法》实施的过程中，监管制度也在不断推陈出新、发生变化，《监管办法》的内容已经与现阶段工作实际不符：

• 我局内组织机构和分工均有变化，《监管办法》的内容已经与现阶段的组织机构和市交通运输局内部分工脱节。
• 《监管办法》实施期间，各行业都针对行业监管相继修改和出台了新的规范性文件，《监管办法》整体内容已有相关制度规定替代，没有继续实施的必要性。
• 国务院于2019年出台《国务院关于在市场监管领域全面推行部门联合“双随机、一公开”监管的意见》（以下简称《意见》），旨在深化“放管服”改革、加快政府职能转变、减轻企业负担、优化营商环境，《意见》要求，“双随机、一公开”作为市场监管的基本手段和方式，除特殊重点领域外，原则上所有行政检查都应通过双随机抽查的方式进行，取代日常监管原有的巡查制和随意检查，形成常态化管理机制。《监管办法》规定的监管内容与监管机制已经无法衔接新时期下新的管理制度，并与新的管理制度存在一定的冲突。⊠
• 《监管办法》在部分行业的监管措施中加入的黑名单制度，黑名单暗含负面批评的意思，对外公布黑名单与《行政处罚法》规定的“通报批评”存在较高相似性。

2021年10月27日，广东省交通运输厅发布的《广东省交通运输厅关于印发道路运输车辆智能监管系统应用管理办法（试行）的通知》已将《广东省交通运输厅关于道路运输车辆卫星定位监控系统应用的管理办法》废止，故《深圳市客运车辆卫星定位监控系统应用管理办法》（以下简称《办法》）的制定依据已经废止且《办法》部分内容与新规定相冲突。此外，《办法》第三十二条、第三十四条、第三十五条在没有上位法依据的情况下，规定了通报批评等明确属于行政处罚种类的措施，与新《行政处罚法》等法律法规的规定不一致、不衔接、不配套，因此废止该规范性文件。

2020年3月11日，为了响应中央以及市政府关于支持企业渡过新冠疫情难关的号召，市交通运输局印发了《防疫期深圳市巡游出租车驾驶员出车奖励发放办法》（以下简称办法），旨在支持巡游出租车驾驶员在疫情背景下的工作。办法第二条规定，本规范性文件奖励的对象为2020年2月7日至4月6日期间（共60天），全市登记注册在营运的巡游车驾驶员。现奖励的时限已过，奖励的申报和发放工作已经结束，因此废止该规范性文件。